取引所のシステム等を強化するためには、豊富な資金を調達する必要性があること及び取引所を取り巻く多様な環境の変化に柔軟に対応すべく迅速な意思決定が欠かせないこと等を踏まえ、平成２１年度内の株式会社化を目指す必要がある。

　流動性を増大させる観点から、平成２０年中にとうもろこしのザラバ化を行い、他の上場商品については東京工業品取引所とのシステム統合実現を機に原則ザラバ化を進める必要がある。平成２０年度中に現在より２時間程度、取引時間を延長する必要がある。また、取引のオンライン化を推進し、海外や証券会社等のプロ市場参加者が取引を行いやすい条件を整えるため、制度的な整備を進める必要がある。

　プロの参加者を増やすため、積極的な広報・マーケティング活動、諸規定類の英文化、ボリュームディスカウント制度導入（平成２０年度中に実施）等の環境を整え、遅くとも平成２２年度末までにプロ参加者の比率を５割まで増やし、厚みのあるバランスの取れた市場参加者構造を目指す。様々な課題としては次の項目がある。
「ＳＰＡＮ証拠金制度の導入」「サーキットブレーカー制度の導入」「スプレッド取引及びマーケットメーカー制度の導入」など。

　●当業者及び機関投資家にとって弥勒ある商品の開発
　内外の当業者のヘッジニーズや機関投資家のニーズを調査し、平成２２年度までに新規商品の開発又は上場を目指す。また、商品ＥＴＦが運用される際の参考となるように、農産物商品指数を開発・公表する必要がある。

　●その他（啓蒙活動及び外務員の資質向上等）
　市場参加者の多様化・プロ化の流れの中においても、個人投資家が安心して参加できるように「東京穀物商品取引所顧客アドバイザー認定制度」の実施及び定期的なセミナー・講演会活動等による外務員の資質向上を目指す必要がある。また、農産物商品市場が国民にとって身近になるように、セミナー・講演会等の開催等、啓蒙普及に努める。また、プロ市場化を進める上で、一定の条件を満たした外務員や商品取引員に対して「個人の投資一任売買」の解禁を検討したい（法改正が必要）。